Lembaga Pengembangan Pendidikan (LPP) Universitas Islam Nahdlatul Ulama Jepara secara resmi terbentuk sesuai dengan terbitnya Peraturan Rektor UNISNU Nomor 027/SK/UNISNU/X/2013 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja UNISNU Maret pada tanggal 02 Oktober 2013. LPP mempunyai fungsi mengoordinasi, memantau dan mengembangkan proses pendidikan di Universitas. LPP berada di bawah koordinasi Wakil Rektor 1 Bidang Akademik bersama dengan Biro I, Lembaga Penjaminan Mutu, dan Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat.